एमपी जयराज की हत्या के मामले में मुथप्पा पकड़ा गया था और अक्सर उसकी अदालत में पेशी भी होती थी। साल 1994 में कोर्ट परिसर में मुथप्पा राय पर हमला हुआ और उसे 5 गोलियां मारी गईं। हालांकि 2 साल तक बिस्तर पर रहने के बाद मुथप्पा पूरी तरह स्वस्थ हो गया।

बताया जाता है कि इसके बाद मुथप्पा राय ने उस वक्त के अंडरवर्ल्ड डॉन दाऊद इब्राहिम के साथी शरद शेट्टी से संपर्क किया। शरद शेट्टी के जरिए दुबई में मुथप्पा ने दाऊद इब्राहिम से भी संपर्क किया। साल 1996 में मुथप्पा राय दुबई चला गया।

ऑयल कुमार उर्फ बूट हाउस कुमार, साल 2001 में रियल स्टेट कारोबारी सुब्बाराजू की हत्या समेत अन्य कई बड़े संगीन जुर्म में मुथप्पा का नाम उछला। हालांकि यह बात और है कि कोर्ट में उसपर केस चलने के बावजूद सबूतों की कमी होने की वजह से मुथप्पा पर कोई भी आरोप साबित नहीं हो सका इसलिए वो बाद में छूट गया था।

दुबई में रहने के दौरान मुथप्पा ने दवा का कारोबार शुरू किया। कहा जाता है कि दुबई और अफ्रीका में उसका कारोबार काफी चलता था। इसके बावजूद मुथप्पा दुबई में बैठकर बेंगलुरू और कर्नाटक की रियल स्टेट इंडस्ट्री पर राज करता था।

साल 2002 में बेंगलुरू पुलिस की गुहार पर दुबई पुलिस ने मुथप्पा राय को भारत भेजा था। जेल से छूटने के बाद मुथप्पा ने साल 2008 में गैर सरकारी संस्था भी बनाई थी। बताया जाता है कि मुथप्पा ने तेलुगु फिल्म कांचिल्दा बाले में एक छोटी सी भूमिका भी निभाई थी। साल 2020 में 68 साल की उम्र में मुथप्पा राय की कैंसर से मौत हो गई थी।